Bedingt durch tektonische Prozesse und weltweit wirksame Hebungen und Senkungen des Meeresspiegels änderten sich im frühen Neogen die Verbindungen zwischen dem Molassemeer und den angrenzenden Bereichen der Paratethys und des Mittelmeeres mehrmals. Die dadurch veränderte Wasserzirkulation prägte die Sedimente und führte zu bedeutenden Faunenumwälzungen. Zeitweise herrschte ein subtropisches Klima. Das Molassemeer beherbergte eine reiche Tier- und Pflanzenwelt mit Haien, Seekühen, Walen, Muscheln und Schnecken, Seegräsern, Blasentangen und vielem mehr.
Vor etwa 17 Millionen Jahren verlandete der westlich von St. Pölten gelegene Teil des Vorlandbeckens. Verbreitet kam es nun zum Absatz mächtiger Süßwassersedimente in Flüssen, Seen und Sümpfen. Seit etwa 7 Millionen Jahren dominiert in der Molassezone die Abtragung und die Süßwassersedimente wurden großteils wieder erodiert. Reste davon bauen den Höhenrücken des Hausrucks und des Kobernaußerwaldes in der salzburgisch-oberösterreichischen Molassezone auf.
Im Neogen, ab 23 Millionen Jahren vor heute, änderte sich die Einspannung des Orogenkeils. Das führte zu tiefgreifenden Veränderungen in den Ostalpen, die entscheidend für deren heutiges Erscheinungsbild als Hochgebirge sind. Einerseits hielt die Annäherung der Adriatischen Platte an die Europäische Platte weiter an, sodass es weiterhin zur Verkürzung in Nord–Süd-Richtung kam. Andererseits konnte sich der Orogenkeil jetzt auch Richtung Osten ausdehnen. Dies war deshalb möglich, da im Osten Teile des Penninischen Ozeans länger offen geblieben waren und durch die Subduktion der ozeanischen Lithosphäre nun Raum freigegeben wurde, in den die bei der Plattenkollision verdickte kontinentale Lithosphäre „hineinfließen“ konnte. Auf diese Weise entstanden der Karpatenbogen, das Pannonische, das Wiener und das Steirische Becken.
Die Nord–Süd-Einengung der Ostalpen im Neogen ist vor allem dadurch bedingt, dass ein Teil der Adriatischen Platte (der „Südalpen-Indenter“) gegen Nordosten vorstieß. Die Zone der maximalen Verkürzung liegt im Gebiet des Brenners und beträgt über 100 km, was etwa der Hälfte der vormaligen Breite entspricht. Im Zuge dessen wurde der Orogenkeil vor allem im Bereich der Hohen Tauern zusammengestaucht und in die Höhe gepresst. Die Gesteine kühlten dabei ab, offene Risse („Klüfte“) entstanden und darin bildeten sich großartige Mineralien wie beeindruckende Bergkristalle oder die Epidote der Knappenwand in Salzburg. Auch der Ostteil der Nördlichen Kalkalpen und Zentralen Ostalpen begann als Gebirge aufzusteigen. Gleichzeitig bewegte sich die Front der Alpen noch bis etwa 17 Millionen Jahre vor heute weiter gegen Norden.
Die Molassezone wurde bis zu diesem Zeitpunkt weiter eingeengt und zum Teil überschoben. Teile davon wurden als jüngste tektonische Einheit hochgeschürft und in den Orogenkeil der Alpen eingebaut, sie werden daher als Allochthone Molasse bezeichnet.
Ab etwa 17 Millionen Jahren vor heute nahm das „Ausfließen“ des Orogenkeils in Richtung Osten fast die gesamte weitere Nord–Süd-Verkürzung der Ostalpen auf. Die Bewegungen erfolgten an Seitenverschiebungen und Abschiebungen. An diesen tektonischen Grenzflächen wurden die Gesteine mechanisch zerrüttet, sodass die Erosion durch Wasser und Eis in der Folge hier besonders effizient ansetzen konnte. Das erklärt, warum die großen Alpentäler den im Neogen angelegten Störungen folgen.
Bedeutende Störungen sind die Inntal-Störung und die Salzach-Enns-Mariazell-Puchberg-Störung (SEMP), von denen jeweils zahlreiche Ausläufer in die Nördlichen Kalkalpen abzweigen. Sie sind für die heutige Längserstreckung der Nördlichen Kalkalpen verantwortlich, welche erst zu dieser Zeit entstand. Weitere Seitenverschiebungen folgen dem Pöls-, Lavant-, Mur-, Mürz-, Isel und Mölltal. Die Periadriatische-Störung im Gailtal und in den Karawanken begrenzt die Ostalpen gegen die Südalpen.
An den großen Abschiebungen in Kombination mit diesen Seitenverschiebungen erfolgte die Bildung des Unterengadiner Fensters, des Tauern- und Rechnitzer Fensters, in denen Decken des Penninikums und Subpenninikums unter dem Ostalpin hervortreten.
An den Seitenverschiebungen vollzogen sich auch bedeutende vertikale Bewegungen. So wurden die langgezogenen Höhenrücken der Koralpe und Saualpe an diesen herausgehoben und gleichzeitig gegen Osten gekippt.
An anderen Stellen wurden die Inneralpinen Becken wie das Tamsweger, Fohnsdorfer oder Lavanttaler Becken eingesenkt. Sie wurden mit Abtragungsschutt der angrenzenden Berge gefüllt und an vielen Stellen entstanden Kohlen.
Am Alpenostrand und innerhalb des Karpatenbogens wurde die Lithosphäre stark gedehnt und es entstanden das Wiener Becken und die großen Absenkungsbereiche des Pannonischen und Steirischen Beckens. Diese wurden vom Meer überflutet und wie der östliche Teil der Molassezone ein Teil der Paratethys. Der Untergrund der Becken sank zum Teil bis über 5 km tief ab, gleichzeitig wurden sie mit Sanden und Tonen aufgefüllt. Eine reichhaltige Fauna mit Muscheln, Schnecken und Haifischen bevölkerte das Meer, und an den Küsten entstanden kleine Riffe.
Ab etwa 12 Millionen Jahren vor heute wurde die Paratethys zusehends von den Weltmeeren abgeschnitten und süßte langsam aus. Es entstand der „Pannonsee“, welcher am Ostrand der Alpen vor etwa 9 Millionen Jahren endgültig verlandete.
Am Alpenostrand war die Füllung der Becken zeitweise von intensivem Vulkanismus begleitet. Dieser steht mit der Subduktion des Penninischen Ozeans unter den Karpatenbogen und mit der Dehnung der Lithosphäre im Bereich des Pannonischen Beckens in Zusammenhang. Die ältesten Vulkane waren vor 15 Millionen Jahren aktiv. Ihre Reste finden sich z.B. bei Bad Gleichenberg und Weitendorf in der Steiermark. Vor 11 Millionen Jahren entstanden die Basalte des Pauliberges und jene von Oberpullendorf im Burgenland.
Nach einer längeren Ruhepause bildete eine sehr aktive und an Auswurf reiche Phase in der Südoststeiermark den Abschluss des Vulkanismus. Nach radiometrischen Altersbestimmungen fand diese vor 4 bis 1 Millionen Jahren statt und reicht somit bis ins Quartär. Dazu gehören zum Beispiel die Basalte von Klöch, Wilhelmsdorf und jene bei Feldbach.
Grafiken stehen für Unterricht und Lehre zur Verfügung.