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Nach der Schließung des Rheischen Ozeans wurde auch der westliche Teil des Paläotethys-Ozeans geschlossen. Dadurch waren ab etwa 300 Millionen Jahren vor heute mehr oder weniger alle großen Kontinentmassen der Erde zum Superkontinent Pangäa vereint, der das Antlitz der Erde für die folgenden 100 Millionen Jahre prägen sollte. Die verbliebenen Teile des Paläotethys-Ozeans bildeten ab diesem Zeitpunkt eine Bucht, die sich entlang des Äquators von Osten her in Pangäa erstreckte.
Die auf die Schließung der ozeanischen Bereiche folgenden Kontinentkollisionen führten zur Bildung des variszischen Gebirges, welches sich über tausende Kilometer quer über Pangäa erstreckte. Die eingeebneten Reste dieses Gebirges findet man heute in Mittel- und Westeuropa, in Nordwestafrika und Nordamerika. Auch die kontinentalen Krustenstücke der heutigen Böhmischen Masse und der Alpen lagen darin vereint. Manche wie das Moldanubikum und Subpenninikum bildeten tief versenkte, zentrale Anteile des Gebirges, andere wie das Moravikum, Südalpin und Teile des Ostalpins waren eher Vorberge an dessen südöstlichem Rand, nahe der Küste zum Tethys-Ozean. In den Tiefländern rund um das Gebirge herrschten tropisches Klima und ideale Bedingungen für eine üppige Flora mit bis zu 40 m hohen Bäumen (Lepidodendron und Sigillaria). Aus diesen Wäldern entstanden die großen Steinkohlevorkommen wie zum Beispiel jene im Ruhrgebiet, in England oder in Polen.
In den Gesteinseinheiten Österreichs ist das Variszische Ereignis gut dokumentiert: Von den Subduktionsereignissen zeugen etwa 360 Millionen Jahre alte Eklogite, zum Beispiel aus den Ötztaler Alpen, die aus tief versenkten Basaltgesteinen hervorgegangen sind. Auch die Granulite des Moldanubikums sind in etwa 55 km Tiefe entstanden. Im Zuge gewaltiger Deckenbewegungen wurden diese Gesteine aus dem zentralen Teil des Gebirges gegen die Erdoberfläche herausgequetscht und über schwächer metamorphe Gesteinseinheiten in den Randgebieten überschoben.
Währenddessen kam es zwischen 350 und 310 Millionen Jahren vor heute mehrmals zur Bildung von Schmelzen im Erdmantel und in der Kruste. Aus diesen kristallisierten zahlreiche Granite. Diese finden sich im Moldanubikum der Böhmischen Masse, aber auch im Subpenninikum und Ostalpin in den Alpen.
Schon im späten » Karbon kam es zum Abbau des Gebirgsreliefs durch Dehnung der Kruste und massive Erosion. Zwischen den Gebirgsrücken und vor allem im Vorland des Gebirges entstanden Becken, die mit dem Abtragungsschutt der Berge gefüllt wurden und in denen es stellenweise zur Bildung von Kohle kam. Diese wurde im Brennergebiet (Tirol) und auf der Stangalpe in den Nockbergen (Kärnten) abgebaut.
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