In den tektonisch tiefsten Teilen des Tauernfensters, sozusagen im Kern der Ostalpen, ist ein Rest des ursprünglichen, kristallinen Untergrunds des "Alten Europa" erhalten geblieben. Verursacht durch die alttertiäre Einengungstektonik wurde dieser zu den Kristallinkomplexen der Hohen Tauern und der Zillertaler Alpen geformt und tritt unter dem darübergeschobenen Deckenstapel aus penninischen Sedimenten und Gesteinen des Ozeanbodens wieder zutage. Diese Kristallinkomplexe bestehen aus metamorphen Gesteinen des Paläozoikums, in die während der variszischen Orogenese große Massen granitischer Schmelzen (die heutigen Zentralgneise) eingedrungen sind. Auf dieser variszisch verfestigten, kontinentalen Kruste wurden später jungpaläozoische und mesozoische Sedimente abgelagert. 

Sowohl kristalline Gesteine als auch auflagernde Sedimente wurden im Zuge der jüngsten Metamorphose in den Ostalpen,  der "Tauernkristallisation", bei einem Druck von bis zu 20 Kilobar auf Temperaturen bis nahe 600°C aufgeheizt.