Neben der Flyschzone gibt es noch weitere tektonische Einheiten, die der Penninischen Zone zugeordnet werden. Ihre Gesteine sind unter dem "Ostalpinen Deckensystem", einer riesigen, intern mehrfach gegliederten tektonischen Einheit begraben. Diese ist jedoch in drei Gebieten "löchrig" und erlaubt somit - wie durch ein Fenster  - einen Blick auf die Gesteine der darunterliegenden penninischen Einheiten:

Das ist im Engadiner Fenster im Oberinntal, im Tauernfenster der zentralen Ostalpen (Hohe Tauern und Zillertaler Alpen) und im Rechnitzer Fenster am Alpenostrand der Fall.

In diesen tektonischen Fenstern finden wir heute überwiegend die einst im Penninischen Ozean abgelagerten Sedimente sowie Teile ihrer Unterlage aus ozeanischer, z. T. auch aus kontinentaler Kruste. Aufgrund von Fossilfunden und Vergleichen mit Nachbargebieten wird angenommen, dass in der Penninischen Zone die Ablagerung unterschiedlichster Sedimentfolgen bereits im Oberkarbon begonnen hatte und bis ins Alttertiär andauerte.

Der Großglockner (3797 m), Österreichs höchster Berg, wird von penninischen Ozeanbodengesteinen aufgebaut (Blickrichtung nach Südosten)

Pillowlava des Pennischen Ozeanbodens

In der Jura- und Kreidezeit ist der tiefmarine "Penninische Ozeantrog" zwischen Alteuropa und Afrika vorerst durch "Riftbildung", das heißt durch Zerrung, Zerbrechen, Ausdünnung und Absenkung der kontinentalen Erdkruste entstanden. In der Folge kam es entlang von Spalten zum Aufdringen von ansehnlichen Mengen basaltischer Magmen. Dies führte im Laufe der Zeit zur Entwicklung eines mittelozeanischen Rückens, mit ständiger Neubildung von ozeanischer Kruste, vergleichbar z.B. der heutigen Atlantikkruste.

Nach und nach wurde das penninische Meeresbecken mit feinkörnigen kieseligen, tonigen, mergeligen und kalkigen, überwiegend dem Tiefwasser zugeschriebenen Sedimenten ("Bündnerschiefer") gefüllt. Heute, nach der zum Teil mehrfachen metamorphen Überprägung während der alpidischen Gebirgsbildung, liegen sie als Quarzite, Phyllite, Kalkglimmerschiefer, Marmore und Brekzien vor. Die basischen und ultrabasischen Gesteine der ozeanischen Kruste rekristallisierten zu Grünschiefern, Prasiniten, Metagabbros und Serpentiniten.  

Reste des einstigen Penninischen Ozeanbodens, bestehend aus ultrabasischen Gesteinen, Gabbros, Pillowlaven und Tuffen, können in der prächtigen Hochgebirgslandschaft um den Großglockner beispielhaft studiert werden. Der mächtige Bergrücken und der Gipfel des Glockners selbst bestehen aus metamorphen Gesteinen, die sich von Ozeanbodenbasalten herleiten lassen.

Die Gesteine der Penninischen Zone sind aufgrund ihrer zahlreichen Erzlagerstätten von Bedeutung. Waren es im Mittelalter vor allem die Vorkommen von Bunt- und Edelmetallen ("Tauerngold"), so hatte bis zur Mitte der 80er Jahre unseres Jahrhunderts der Antimonbergbau Schlaining im Burgenland wirtschaftliche Bedeutung. Zur Zeit ist nur noch der Wolframbergbau im Felbertal nahe Mittersill in Betrieb. Auch die wunderbaren Kristalle und Mineralien der Hohen Tauern und der Zillertaler Alpen sind seit der Römerzeit begehrte Sammelobjekte. Das wurde etwa durch den Fund spektakulärer Bergkristalle im "keltisch-römischen" Handelszentrum auf dem Magdalensberg (Kärnten) bewiesen, die wahrscheinlich aus dem Rauristal (Sbg.) stammen.